Mac App Store được ra mắt với hơn 1000 ứng dụng vào ngày 6 tháng 1 năm 2011, bao gồm iWork '09, iLife '11, Aperture và các ứng dụng của bên thứ ba được chuyển từ iOS, như Angry Birds, Flight Control, Things và Twitter cho Mac. Hầu hết các ứng dụng thuộc danh mục Trò chơi, có số lượng ứng dụng nhiều gấp ba lần trong danh mục lớn nhất tiếp theo, Tiện ích.  Điểm giá phổ biến nhất là 20 đô la 5050. Angry Birds, một trò chơi video phổ biến trên iOS App Store, là ứng dụng trả phí số một trên Mac App Store vào ngày đầu tiên.

Một bản cập nhật cho Mac App Store cho OS X Mountain Lion đã giới thiệu một quả trứng Phục sinh, trong đó, nếu một người tải xuống một ứng dụng từ Mac App Store và vào thư mục ứng dụng của một người trước khi ứng dụng tải xuống xong, người ta sẽ thấy dấu thời gian của ứng dụng là "ngày 24 tháng 1 năm 1984, lúc 2:00 AM, "ngày Macintosh ban đầu được bán. Đây là lần đầu tiên một quả trứng Phục sinh xuất hiện trong một phần mềm của Apple kể từ khi Steve Jobs tuyên bố cấm trứng Phục sinh khi ông trở lại Apple vào năm 1997.

Vào ngày 11 tháng 11 năm 2015, một số ứng dụng được mua thông qua Mac App Store đã bắt đầu thất bại khi ra mắt. Người dùng trên toàn thế giới nhận được thông báo lỗi và buộc phải xóa và tải xuống lại các ứng dụng bị ảnh hưởng.  Nó được phát hiện vào ngày hôm sau bởi nhà phát triển Tapbots Paul Haddad rằng vấn đề phải làm với một chứng chỉ bảo mật đã hết hạn. Vào ngày 17 tháng 11, Apple đã gửi một email với lời giải thích cho các nhà phát triển. Công ty tuyên bố rằng hầu hết các vấn đề đã được giải quyết và thông tin khắc phục sự cố đã được cung cấp cho nhóm hỗ trợ của AppleCare.

Vào ngày 17 tháng 12 năm 2015, trách nhiệm giám sát App Store đã được trao cho Phil Schiller, phó chủ tịch cấp cao về Tiếp thị Toàn cầu của Apple. Trước đây, App Store được lãnh đạo bởi Eddy Cue, phó chủ tịch cấp cao của Phần mềm và Dịch vụ Internet.

Vào ngày 1 tháng 1 năm 2018, Apple tuyên bố họ không còn chấp nhận các ứng dụng 32 bit trên Mac App Store, còn các ứng dụng 32 bit hiện có trên App Store phải được cập nhật để phù hợp với kiến trúc 64 bit vào ngày 1 tháng 6 năm 2018